Según el registro de defunción, habría sido hijo de Matteo. Un posible origen ibérico de la familia es sugerido por el apellido, aunque notablemente difundido en la zona de Lombardía, y por el atributo «lo Spagnolo» que acompaña a su nombre en algunas escrituras notariales. No hay información sobre los años formativos. La presencia de Spagnoli se atestigua por primera vez en Como en 1655 como testigo de un poder notarial de Antonio Francesco, Giuseppe y Lucrezia Rusca, hijos de Carlo y Maria Caterina Fossati, a favor de su tío Giovanni Antonio Rusca. En ese momento, Spagnoli sirvió a la noble familia como tutor de los tres niños, probablemente residiendo en su palacio. De 1658 a 1659 estuvo activo como cantor en la catedral de Como donde, en 1661, se convirtió en maestro di cappella sucediendo a Pietro Corti, con un salario mensual de 25 liras milanesas. Ocupó formalmente el cargo al menos hasta 1686-87, pero es probable que continuara ejerciendo esta actividad hasta 1703, cuando la dirección de la capilla de la catedral fue asumida por su alumno Nicola Mornago.

Edición discográfica de obras de Francesco Spagnoli Rusca

Spagnoli también trabajó en otras capillas de la ciudad, incluidas las de las iglesias de Crocefisso y del Gesù, y la basílica de S. Fedele. Además, en cumplimiento de las disposiciones del sínodo de septiembre de 1672, que encomendó a los maestros de capilla la instrucción musical de los clérigos y de los internos de los institutos escolares locales, enseñó canto gregoriano en la Opera pia Gallio dei Somaschi, en el Oratorio dei Giovani y en algunos conventos femeninos. Mantuvo una sólida y continua relación con los Rusca, como lo atestiguan las rentas que recibía en sus testamentos y su participación a lo largo de los años en diversas escrituras notariales de la familia, de la que tomó el apellido a partir de 1678. Desde 1686 era beneficiario de una pensión que le pagaba el Colegio de los Jesuitas de Como, heredero del patrimonio de Antonio Francesco Rusca; obtuvo una segunda anualidad a la muerte de Maria Caterina Fossati, ocurrida en 1687, y en 1695, con el testamento de Giuseppe Rusca, obtuvo una nueva anualidad y el préstamo de un casa perteneciente a la familia. Murió en Como a la edad presunta de 70 o 71 años, y fue enterrado en la iglesia de S. Donnino.

La producción musical de Spagnoli, transmitida a partir de manuscritos conservados en el archivo de música de la catedral de Como, consta de unas 500 composiciones casi exclusivamente de música sacra, tanto litúrgica como devocional, incluidos diálogos, cantatas y oratorios (en latín o vernáculo), todas destinadas a la capillas de la ciudad. Las composiciones instrumentales incluyen tres sinfonías, tres tocatas para violín y espineta y una para órgano y espineta. Por disposición testamentaria, los autógrafos de Spagnoli fueron transferidos al Colegio de los Jesuitas: heredero universal de los bienes del compositor. Tras la supresión de la Compañía de Jesús (1773), el corpus de las obras de Spagnoli debió pasar al Colegio de nobles jurisconsultos, que a su vez fue suprimido en 1795, y finalmente se fusionó con los fondos de los suprimidos organismos e instituciones eclesiásticas que constituían el núcleo original de la Biblioteca Municipal de Como, pero en realidad los manuscritos nunca llegaron allí. 

La escritura musical de Spagnoli se caracteriza por un uso frecuente del stilus antiquus o ecclesiasticus.de ascendencia madrigal, con la alternancia de pasajes homofónicos e imitativos, y para la práctica de la aumentación utilizada para resaltar una voz sobre las demás. El compositor presta especial atención a los valores semánticos y 'afectivos' del texto poético, del cual la música sigue la articulación retórica también a través de la alternancia de tiempos binarios y ternarios. Las afinidades encontradas entre su estilo compositivo y el de Giacomo Carissimi han hecho avanzar algunas hipótesis sobre una posible procedencia romana del Spagnoli, o sobre eventuales contactos que se produjeron con esa cultura musical durante su formación.